故事发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛初音岛。主人公朝仓纯一在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力，还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。

故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头,以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。

梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦……

　　D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空...